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与常染色体STR基因座相比，大多数Y-STR基因座具有复杂的串联重复结构：一个基因座内常含有两种以上不同的重复单位，亲子鉴定恒定重复序列和可变重复序列同时存在。Y-STR基因座和等位基因的命名与常染色体STR的命名原则上相同，但需注意以下两点：①因Y染色体存在较多的重复回文区域，使部分Y-STR基因座在染色体上存在多个拷贝，故应用基因座特异性引物扩增会产生多个PCR产物·即多拷贝Y-STR，如DYS385 a/b、DYS459 a/b、DYS464 a/b/c/d等。亲子鉴定采用传统PCR分型方法，因无法区分某一等位基因来自哪一具体的基因座，故多拷贝基因座采用单一基因座命名，如DYS385、DYS459和DYS464基因座，观察的片段作为基因型处理，中间以连字符连接，如DYS385 11-14、DYS459 8-10、DYS46413-14-15-16等。⑦两个独立的Y-STR基因座相距较近，有时一对引物可以同时扩增这两个基因座，则应以两个基因座重复单位的总计重复次数命名等位基因。
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